Dans près de deux tiers des cas, la cause de l'épilepsie ne peut pas être clairement identifiée. Les deux principaux facteurs qui sont impliqués dans la survenue des crises sont la prédisposition génétique et des lésions cérébrales acquises, soit durant la petite enfance ou plus tard dans la vie. De telles lésions cérébrales peuvent être causées par des problèmes survenus lors de la période prénatale, au cours de l'accouchement ou durant la petite enfance et à tous les âges : traumatismes crâniens, AVC, alcoolisme grave. Elles peuvent aussi être provoquées par une mauvaise vascularisation du cerveau, notamment chez les personnes âgées.